Узумаки Наруто, вернувшись в Коноху, знакомится с новым членом команды номер семь - Саем. Новичок, будучи подчиненным Данзо в АНБУ Не, слепо следует приказам своего начальства. В свете последних событий, старейшина Скрытого Листа решается уничтожить любого, кто осмелится предать деревню, особенно носителей улучшенного генома. Но внучка Первого Хокаге не намерена идти на поводу Шимуры Данзо. Она не предпринимает попыток в уничтожении Учихи Саске, оставившего Коноху во время ее становления главой деревни.
Однако беда никогда не приходит одна. Учиха Саске после плодотворных тренировок наконец решает убить своего учителя и собрать команду. Смерть Орочимару и мятеж мстителя дали свои плоды – забитые камеры холодных тюрем опустели, и многие подопытные сбежали. Дав Учихе свободу и не желая вмешиваться в его освободительную миссию, Кабуто вскоре решает воскресить Саннина с помощью техники Распечатывания Зла, известной по литературе, что хранилась в убежище Змея.  Но на убийстве своего наставника нукэнин не останавливается. Он знает свою цель – кланоубийца и старший брат, предатель Конохи и тот, кого не должно существовать в этом мире.
Многие Скрытые Деревни уже успели потерять своих хвостатых зверей. Последний раз организация Акатсуки забрала Однохвостого - это стало причиной собрания Каге. Все главы деревень решили дать отпор террористической организации, чтобы защитить оставшихся джинчуурики и обеспечить собственную защиту. Однако союз Скрытых Деревень не входил в планы Акатсуки. Обито отправляет Зетсу к Дайме крупнейших стран шиноби, чтобы захватить их. На что способен союз Каге? Подействует ли план лидера террористической организации, сможет ли он вновь развязать ожесточенную борьбу между главенствующими Скрытыми Деревнями?..